Chercheur indépendant, Fabien Guilloux est titulaire d’un doctorat en musicologie (Université de Tours). Ses travaux et publications portent sur la culture musicale dans les milieux conventuels et monastiques à l’époque moderne. À ce titre, il collabore au programme de recherche Ricercar (Centre d’Études Supérieures de la Renaissance) et participe au projet Sequentia (CNRS-IRPMF) dédié à l’étude du chant ecclésiastique et de la liturgie ; il vient de publier un ouvrage consacré à l’iconographie musicale franciscaine : Saint François d’Assise et l’ange musicien (Roma : Istituto storico dei Cappucini, 2010).
Il mène en parallèle une activité de philologue et d’éditeur scientifique. Depuis 1999, il participe au projet d’édition critique des œuvres de Giacomo Meyerbeer (Universität Bayreuth / Ricordi) et dirige la collection Patrimoine musical du Hainaut auprès de l’éditeur La Sinfonie d’Orphée (Tours).
Avec Yannick Lemaire, Fabien Guilloux est co-fondateur du festival Embar(o)quement immédiat ! de Valenciennes.